Etude in Silico D Amorces de PCR

Avec l'av nement des technologies bas es sur l'ADN, les m thodes mol culaires de d tection bact rienne (e.g. la Polymerase Chain Reaction (PCR)) sont progressivement en train de remplacer les m thodes de d tection traditionnelles bas es sur la culture cellulaire et la caract risation biochimique de souches. Les amorces de PCR sont des petites s quences d'ADN qui vont permettre de cibler une r gion g n tique amplifier. La nature de leur s quence va donc conditionner la sp cificit et la couverture (ou sensibilit ) de la d tection par PCR. Au cours de ma th se, je me suis int ress aux amorces de PCR qui ont t publi es dans la litt rature scientifique. J'ai labor plusieurs proc dures automatis es (pipelines) de bioinformatique pour (1) rechercher toutes les s quences d'un g ne, (2) tous les articles scientifiques qui traitent de ce g ne, (3) toutes les amorces PCR issues de cette litt rature, et (4) v rifier leur efficacit , i.e. leur sp cificit et leur couverture vis vis de l'esp ce bact rienne cibl e. Le site internet http: //patho-genes.org regroupe tous les r sultats et le logiciel (Oligomer-Extractor) qui ont t d velopp s au cours de mes travaux.