La determination de structures tridimensionnelles des proteines est essentielle a l'etude de leur fonction in vivo. Des strategies alternatives a l'utilisation de methodes d'analyse a haute resolution ont ete developpees dans le but de lever certaines contraintes (e.g. necessite de quantites de proteines pures cristallisees importantes pour realiser des experiences de diffraction des rayons X). Ces methodes sont basees sur l'utilisation conjointe d'agents chimiques de modification de proteines et de l'analyse par spectrometrie de masse. Elles permettent d'obtenir efficacement des donnees structurales variees (e.g. accessibilite au solvant, contraintes de distances, sites de modifications post-traductionnelles) basse resolution. La difficulte majeure a l'obtention de ces donnees reste cependant la detection de peptides d'interet faiblement representes dans un melange complexe. Trois projets ont ete inities durant ces travaux de recherche dans le but d'ameliorer cette detection en spectrometrie de masse afin de fournir plus rapidement des donnees structurales.