Publiee en 1644, la Disquisitio metaphysica de Gassendi, plus connue en francais sous le titre d'Instances, constitue sans doute la critique la plus systematique jamais entreprise de la metaphysique de Descartes. Insatisfait des reponses apportees par ce dernier aux Ve Objections, Gassendi soumet ici chaque page du texte des six Meditations metaphysiques a ses doutes et instances, passant ainsi l'ensemble de la metaphysique cartesienne au crible d'un materialisme subtil et coherent, issu de la tradition antique mais enrichi des avancees scientifiques de son siecle. De ce fait, la Disquisitio se presente aussi et surtout comme la premiere confrontation radicale entre la tradition materialiste et le dualisme moderne etabli par Descartes. Tout au long de ce livre, l'argument majeur de Gassendi consiste en effet a souligner la contradiction qu'il y a a vouloir concilier, comme le fait Descartes, d'une part la distinction reelle des substances pensante et etendue (leur opposition d'essence), et d'autre part leur union de fait (dans la VIe Meditation); une union qui demeure, de l'aveu meme de Descartes, inexplicable. Afin d'echapper a cette aporie du dualisme radical, et remarquant a juste titre que Descartes postule, sans jamais prouver qu'il serait contradictoire pour une chose etendue de penser, Gassendi est des lors conduit a proposer une theorie substitutive, celle d'un dualisme reduit ou l'opposition d'essence serait remplacee par une difference de degres: plutot qu'a deux substances irreductiblement opposees, il se pourrait que l'on ait affaire, note Gassendi, a une seule substance avec deux proprietes distinctes; sans paraitre toutefois remarquer qu'il se heurte ce faisant a une difficultas generalis semblable, quoi qu'inverse, a celle rencontree par Descartes… Ainsi ce livre formule-t-il pour la premiere fois clairement l'antinomie qui gouverne tout le developpement de la metaphysique moderne, et qui continue encore, sous des formes nouvelles, d'occuper les philosophes aujourd'hui.