Dans les Principia philosophiae, publies pour la premiere fois en latin en 1644, Descartes expose sous une forme synthetique ce que les analyses des Meditations et du Discours avaient mis a jour, a savoir l'articulation entre les principes generaux de la connaissance humaine, les principes des sciences et ses decouvertes sur la structure du monde physique. C'est dans la Lettre-preface a son traducteur francais, l'abbe Picot, qu'apparait aussi la celebre conception de la philosophie comme une arborescence, a partir des racines metaphysiques, en un tronc de la physique puis trois branches principales que constituent la medecine, la mecanique et la morale. Filant la metaphore, Descartes vise le dernier degre de la sagesse comme le fruit ultime de cette croissance organique du savoir: Or comme ce n'est pas des racines, ni du tronc des arbres, qu'on cueille les fruits, mais seulement des extremites de leurs branches, ainsi la principale utilite de la philosophie depend de celles de ses parties qu'on ne peut apprendre que les dernieres .