Au Pleistocene superieur (32000 - 26000 ans BP), au Kivu, un ensemble forestier heterogene occupe le PNKB, sous un climat moderement chaud et humide.Au dernier maximum glaciaire, ca. 18000 ans BP, les milieux ouverts herbaces occupent tres largement l'espace alors que les massifs boises sont relegues dans des zones refuges. A l'Optimum Humide Holocene (10000-7000 ans BP), avec l'accroissement des precipitations, le lac Kivu connait une hausse importante alors que les depressions en altitude sont transformees en lacs. La progression de la foret ombrophile qui s'ensuit est enregistree ca. 6000 ans BP. Vers 4000 ans BP, une expansion importante des milieux ouverts naturels climatiques, prairies en altitude et savanes sur les pentes inferieures des reliefs, souligne un deficit hydrique a mettre en relation avec la periode d'aridite globale de l'Afrique a cette epoque. Une instabilite climatique persiste jusqu'a ca. 2500 ans BP, traduite par une extension des zones a bambous. Des le debut du second millenaire AD, l'horizon inferieur de la foret dense, qui a reconquis le terrain, commence a se secondariser sous un effet anthropique croissant.