Italien 1943. Alliierte Soldaten erobern den Suden des Landes. Benito Mussolini, der faschistische Diktator, wird auf Befehl des italienischen Koenigs verhaftet, von einem SS-Kommando jedoch befreit und ins Deutsche Reich gebracht. Bald wird am Westufer des Gardasees eine neue faschistische Republik unter seiner Leitung ausgerufen, die Republik von Salo. Wahrend die Alliierten im Suden vorrucken, erkampfen Partisanen im Norden die ersten vom Faschismus befreiten Gebiete: Der Krieg der Grossmachte wird zum italienischen Burgerkrieg. Auf die faschistische Gewalt wahrend der 600 Tage von Salo folgt die Rache der Sieger. Rote Fahne - Schwarzes Herz erzahlt die Geschichte dieses zweifachen Krieges und ihrer wichtigsten Protagonisten aus der Sicht derjenigen, die rote Fahnen schwenkten, und derjenigen, die ihrem schwarzen Herzschlag folgten.